Aus Anlass der 100-Jahrfeier des Missionshauses Liefering im Jahr 1988 verwirklichten die Herz-Jesu-Missionare die Idee von Walter Achleitner und P. Toni Ringseisen msc, aus den freigewordenen Räumen des Internats einen Ort der Begegnung und ein Zentrum für missionarische Bewusstseinsbildung zu machen. Es sollten vor allem SchülerInnen und Firmlinge angesprochen werden.
Das Projekt BONDEKO wurde dann im Herbst 1988 in enger Zusammenarbeit mit der Erzdiözese Salzburg und mit allen missionierenden Orden Salzburgs (AMOS) gestartet. Von Anfang an war geplant, dass Ordensleute, die in Afrika, Asien, Lateinamerika, Ozeanien arbeiteten, für eine bestimmte Zeit ihre Erfahrungen in die Arbeit des BONDEKO einbringen.
P. Hans Schmid msc war bereit, nach neun Jahren des missionarischen Einsatzes in Brasilien, für ein Jahr in Salzburg zu bleiben und gemeinsam mit P. Toni Ringseisen beim Aufbau des Zentrums Bondeko mitzuhelfen. Toni Ehammer konnte für die Koordination dieser Arbeit gewonnen werden.
P. Ludwig Laaber msc hatte 12 Jahre im Kongo als Missionar gewirkt. Er war dann in Liefering Missionsprokurator, engagierte sich jedoch auch als Referent für die Bereiche Mission und "Junge Kirchen" in Pfarrgemeinderäten und arbeitete mit Firmgruppen.
Die Herz-Jesu-Missionare, die Steyler Missionare und die Missionarinnen Christi, später auch die Steyler Missionsschwestern (Dienerinnen des Hl. Geistes) und die Missionsschwestern vom hl. Petrus Claver in Maria Sorg konnten auf begrenzte Zeit Mitglieder ihrer Gemeinschaften für die Arbeit im Bondeko freistellen. Für verschiedene Projekte wurden MitarbeiterInnen angestellt.
Schwerpunktthemen, Veranstaltungen, Aktionen werden im Team erarbeitet. Themen ergeben sich aufgrund persönlicher Erfahrungen der MitarbeiterInnen.